Aby przeszczep szpiku był udany, musi istnieć znaczna zgodność dawcy i biorcy w zakresie antygenów zgodności tkankowej (HLA). Ocenia się, że układ HLA może występować w około 5 miliardach kombinacji. Na szczęście nie wszystkie antygeny (podobnie jak w krwiodawstwie) są jednakowo ważne. Wobec znacznego ich zróżnicowania trzeba poprzestać na uzyskaniu zgodności dla najważniejszych tzw. antygenów transplantacyjnych. Mimo takiej niepełnej zgodności przeszczep z dużym prawdopodobieństwem może zakończyć się sukcesem